El pasado 5 de diciembre 2014 se presentó oficialmente en la Facultad de Medicina, de la Universidad de Costa Rica (UCR), la herramienta bioinformática -Variation Viewer-, una herramienta para visualizar información genómica y proteómica mediante una propuesta innovadora en diagramas de bloques y cuerdas paralelas. La herramienta fue desarrollada por Antonio Solano y Verónica Alfaro de la carrera de ingeniería en diseño industrial del Instituto Tecnológico de Costa Rica (TEC) en el área de comunicación visual. En su participación estuvieron como asesor y guía del proyecto el Dr. Allan Orozco (Laboratorio de Bioinformática- clúster de Bioinformática, Escuela de Medicina), Profesor del Postgrado de Ciencias Biomédicas de la Maestría en Bioinformática de la UCR e investigador de PROSIC-UCR, y como programadores Luis Ruiz estudiante del Máster de Bioinformática UCR (estudiante de tesis del Prof Orozco) y Carlos Cruz de computación en el TEC. La Herramienta fue el producto de un trabajo de cinco meses y el objetivo principal fue mejorar la forma de visualizar y comprender las interacciones de datos genómicos y proteómicos de genes relacionados con cáncer de mama (BRCA1, BRCA2) y cáncer gástrico (HER2). Al proyecto desarrollado se le denominó: “Parallel Coordinates”, con dos prototipos de diagramas de cuerdas preliminares: “Double Chord” y “Single Chord¨ y se encuentra en on line con el sistema inglés ENSEMBL a través de APIs. Para construir la herramienta se empleó: Javascript, 3VOT y Tecnología D3. El sistema creado agiliza el proceso de investigación donde no se pierde tanto tiempo en entender los datos y en donde más bien se emplea mayor tiempo en saber utilizarlos y aplicarlos. Esta herramienta representa un avance importante en visores oncológicos por primera vez en Costa Rica y el área centroamericana apoyado por la Red Centroamericana de Bioinformática y Biocomputación molecular. La herramienta se presentará como un artículo publicable en Briefings Bioinformatics de Oxford, Inglaterra en 2015.

Sistema Variation Viewer.png

Diagrama de cuerdas.png

Pais: 
Costa Rica